Die Arbeit der ZIF wird ausschließlich durch die Beitragszahlungen der Autonomen Frauenhäuser und durch Spenden finanziert. Die finanzielle Unabhängigkeit von öffentlichen Finanzierungsträgern stellt die politische Unabhängigkeit der ZIF sicher.

Nach dem Prinzip der Rotation ist die ZIF nur „vorübergehend“ an einen Frauenhausverein angeschlossen. Ihre „Amtszeit“ beträgt allerdings nicht mehr nur ein Jahr wie in der Anfangszeit. Heute wird die ZIF durch ihre Mitgliedsvereine für mindestens drei Jahre gewählt. Danach besteht die Option der befristeten Wiederwahl. Dies eröffnet die Möglichkeit einer längerfristigen Planung und größeren Kontinuität bei guter Arbeit. Die Anbindung an ein Frauenhaus und die Rotation dienen der Sicherstellung der Praxisnähe. Dauerhafte Machtkonzentration und Funktionärinnentätigkeit soll über das Rotationsprinzip verhindert werden. Die Praxisnähe wird dadurch gewährleistet, dass zwei ZIF-Mitarbeiterinnen nicht nur in der ZIF, sondern auch im Frauenhaus arbeiten.

Seit 2012 hat die ZIF ihren Geschäftssitz in Bonn. Die Aufgabenfelder der ZIF wurden im Laufe der Jahre erweitert. Heute hat sie in Zusammenarbeit mit dem Koordinierungsgremium der Autonomen Frauenhäuser das Mandat zur eigenständigen Öffentlichkeitsarbeit.

Das Koordinierungsgremium der Autonomen Frauenhäuser setzt sich aus Vertreterinnen der Bundesländer sowie der Themen-Arbeitsgruppen zusammen. Es legt die Arbeitsschwerpunkte fest und unterstützt die Arbeit der ZIF.

Neben dem Tagesgeschäft und der Koordination der bundesweiten Vernetzungsarbeit gehören das Organisieren von Kongressen, von Kampagnen und Fortbildungsveranstaltungen zu dem Aufgabenspektrum der ZIF. Sie nimmt Einfluss auf Meinungsbildung und Gesetzgebung und vertritt die Autonomen Frauenhäuser in verschiedenen Gremien, z.B. im Beirat des Bundeshilfetelefons.

Im Jahr 2010 wurde die ZIF dreißig Jahre alt und sie ist ohne Zweifel ein gelungenes Beispiel für dauerhafte Vernetzungs-, Koordinations- und Öffentlichkeitsarbeit nach basisdemokratischen Prinzipien.